秘書處下設行政管理組、公關組、稽核組、校務研究辦公室及綜合發展辦公室(含無人機產業暨訓練發展中心、國際電競產業中心、亞太動物照顧中心),辦理校務規劃、行政管理、公關行銷、內部稽核、校務研究及策略發展等業務,襄助校長、副校長推動校務,並統籌協調各單位行政事務,提升校務運作效能。
秘書處秉持服務、協調與創新的理念,以促進校務永續發展為目標,透過校級會議凝聚共識、持續精進行政流程、強化校務研究與數據分析,作為校務決策及發展策略的重要依據;並整合跨領域資源,推動特色產業發展與社會鏈結,結合高教公共性、大學社會責任及媒體公共關係經營,提升學校整體競爭力與社會影響力,共同實踐學校永續發展願景。